虽然家用中央空调有各种优势，但它也有明显的劣势，并不是所有的家庭都适合使用。首先，因为中央空调的隐藏式安装方式，所以要对房屋进行吊顶，这对层高就有了要求，至少不能低于2.7米，否则吊顶后会显得十分压抑，但目前房地厂商在公寓建筑设计的层高常常达不到这个要求。其次，家用中央空调的造价相对较高，以三房两厅的户型为例，价格通常在2万-2.5万元，而选择中等价位的分体式空调三台挂机和一台柜机的总花费一般不超过2万元。空间面积越大、房间越多的家庭选择家用中央空调才比较划算，所以更适合大户型公寓和别墅户型。
　　而且，与分体式空调购买后由专业人士安装即可使用不同，家用中央空调是“三分产品，七分设计和安装”，更为复杂，是个系统工程。因为设计到隐藏式管道，所以新购房家庭要在整体装潢之前，就要预先做好选择并进行设计，包括风道、每个房间的调温开关，管线的走向和暗埋。对于那些已经装修入住的家庭来说，想要更换为中央空调的话，工程量就相当大了。
　　此外，家用中央空调的耗电量大于分体空调，购买前要算一算电费的账，同时，家用中央空调要求电的负荷较大，所以选购家用中央空调前还要考虑家中电路的负荷问题，一些老式住宅还需要先进行电网改造。
　　另一笔需要计算进家用中央空调使用成本的费用是维护保养的开销。由于是隐藏式的，家用中央空调一旦出现故障，维修起来较分体空调麻烦，严重时甚至需要动吊顶管道，工程量比较大。此外，家用中央空调比分体空调更需要定期清洗保养，专业人士建议风管机和水系统的过滤网最好一个月清洗一次，否则灰尘太多容易堵住出风口，影响制冷效果。这个还可以自己动手完成，换季时候对于系统的集中清洗是一定要交由专业人士来完成的话，也是笔不小的开销。
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